纽约期货交易所实行保证金制度，投机账户和套期保值账户的保证金金额有所区别。投机账户的初始保证金为每张合约1000美元，维持保证金为750美元/张；套期保值账户的初始保证金为500美元，维持保证金也为500美元/张。
此外，纽约期货交易所实行限仓制度，交割月、非交割月和所有月份持仓都有一定的限制数量。交割月持仓不得超过300张，非交割月持仓不得超过2500张，所有月份合计持仓不得超过3500张。
纽约期货交易所还实行每日价格波动幅度限制制度，交割月和一般月份分别执行不同的价幅限制。低于110美分/磅时，价幅限制为不超过上一交易日结算价3美分/磅；当有一个或几个合约结算价等于或高于110美分/磅时，所有合约的价幅限制均改为4美分/磅；如果所有合约均低于110美分/磅时，价幅恢复原来的3美分/磅。
此外，纽约期货交易所还有升贴水制度，对入库时间较长的棉花会进行罚款。此外，纽约期货交易所还有年度贴水制度，在本年度内交割不处罚，过了本年度的下一公历年度，就要执行2美分/磅的贴水，并且每增加一年，贴水额增加2美分/磅。
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