吉林敖东药业集团股份有限公司曾获得多项荣誉和认证，其中包括：
- 公司在1998年被国家经贸委认定为国家级技术中心，成为企业技术进步和技术创新的主要技术依托。
- 公司在2001年设立了博士后工作站，并成为新技术研究开发中心、产学研合作交流中心以及技术决策咨询中心。
- 公司在2002年被农业部等九部委批准为农业产业化国家重点龙头企业。
- 公司在2003年被国家科技部评为“火炬计划优秀高新技术企业”。
- 公司在2002年被评为中药现代化科技产业基地示范企业。
- 公司在2007年获得全国五一劳动奖状，并再次被国家农业部等九部委评为农业产业化重点龙头企业。
- 公司在2008年被评为吉林省企业信息化示范单位，并连续多年获得吉林省A级纳税企业、AAA级银行信用等级、守合同重信用单位等荣誉。
- 公司在2009年荣获第十六届国家级一等企业管理现代化创新成果。
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