筑波科学城的发展面临一些挑战。首先，筑波科学城的发展过程中存在着政府过度介入的问题，导致科研体系过度垂直化，缺乏创新体制，研究成果的产业化和商业化程度相对较低。其次，筑波科学城需要与市场机制保持紧密联系，以避免与市场脱节。此外，筑波科学城还需要逐步实现自负盈亏能力，从政府的大力支持中逐步独立运作。最后，筑波科学城还需要与国内外先进科技园区进行交流与合作，以提升自身的科技研究和技术创新能力。
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